В 1871 г. была образована Туркестанская епархия с центром в г. Верном (ныне г. Алма-Ата).
5 июня 1945 г. была образована Алма-Атинская и Казахстанская епархия, преобразованная 31 января 1991 г. в три самостоятельные епархии: Алма-Атинско-Семипалатинскую, Уральско-Гурьевскую и Чимкентско-Акмолинскую.
В 1999 г., принимая во внимание столичный статус г. Астаны, Алма-Атинско-Семипалатинская епархия была переименована в Астанайскую и Алма-Атинскую.
Входит в состав Митрополичьего округа Русской Православной Церкви в Республике Казахстан.