Христианская миссия в Чувашии началась в 1555 г. В 1854 г. было учреждено Чебоксарское викариатство в составе Казанской епархии. На протяжении всего времени существования викарной кафедры Чебоксарский епископ жил в Казани.
Самостоятельная Чебоксарско-Чувашская епархия была открыта в 1945 г.
Чебоксарская епархия включена в состав Чувашской митрополии.