Самостоятельная епархия была создана 20 июля 1990 г. (выделена из Новосибирской и Барнаульской епархии). Первоначально в возрожденную Красноярскую епархию входили образовавшие позже отдельные епархии приходы Кемеровской и Хакасской автономной областей.
Входит в состав Красноярской митрополии.