Начало православной миссии на Кольском полуострове связано с деятельностью прп. Трифона Печенгского (середина XVI века).
Самостоятельная епархия учреждена 27 декабря 1995 г. (выделена из состава Архангельской епархии).
2 октября 2013 г. из состава епархии выделена Североморская епархия.
Мурманская епархия включена в состав Мурманской митрополии.