Самостоятельная Новониколаевская и Барнаульская епархия учреждена в 1924 г., в том же году переименована в Новосибирскую и Барнаульскую. С 1994 г. — Новосибирская и Томская, с 1995 г. — Новосибирская и Бердская.
Входит в состав Новосибирской митрополии.