В 1989 г. в областном центре по благословению епископа Благовещенского и Тындинского Гавриила был создан первый православный приход в память святой блаженной Ксении Петербургской. В 1991 г. открылись два прихода в гг. Холмске и один в Охе. Они входили в состав Дальневосточной епархии.
В 1993 г. была образована Сахалинская епархия, которую возглавил Преосвященный Аркадий (Афонин), епископ Южно-Сахалинский и Курильский.
В 1995 г. в Южно-Сахалинске был открыт кафедральный собор Воскресения Христова.