Комиссия является координирующим научно-исследовательским органом, занимающимся подготовкой материалов к канонизации подвижников веры и представлением их Святейшему Патриарху и Священному Синоду. Комиссия привлекает к сотрудничеству в деле изучения вопросов канонизации архипастырей, богословов духовных школ, пастырей и мирян Русской Православной Церкви.
Большое внимание уделяется научной деятельности: были выработаны критерии канонизации подвижников веры, определены подходы к канонизации новомучеников и исповедников Российских в связи с церковными разделениями XX в. Члены Комиссии находятся в постоянном контакте с церковными и государственными архивами, хранящими документы Церкви.