Одна из старейших епархий Русской Православной Церкви. Первый Новгородский епископ Иоаким, о чем сообщается в первой новгородской летописи, пришел на Новгородчину в 992 г. из Корсуни.
Решением Священного Синода от 27-28 декабря 2011 г. из Новгородской епархии выделена Боровичская епархия.
Входит в состав Новгородской митрополии.