Учреждена как Ростовская и Суздальская, с 1788 года — Ярославская и Ростовская.
Решением Священного Синода от 15 марта 2012 года (журнал № 5) из состава Ярославской епархии выделена Рыбинская епархия.
Решением Священного Синода от 24 декабря 2015 г. (журнал № 100) из состава Ярославской и Рыбинской епархий выделена Переславская епархия.
Входит в состав Ярославской митрополии.