Является единым централизованным управлением по контролю над церковными финансами и имуществом и занимается вопросами налогообложения, бухгалтерского учета, формирования общецерковного бюджета, строительства, реставрации.
В структуру ФХУ входят Юридический отдел, Отдел по строительству православных храмов, Служба имущественных отношений Русской Православной Церкви, Отдел финансового планирования и контроля, Отдел реставрации и ремонта.